Current Projects
The lab’s focus is on understanding how genomic variation is linked with modern health outcomes by using both computational and experimental approaches.
Projects with Dr. Garcia:
Dengue Infection
How do genetic and immune factors influence susceptibility and resistance to dengue infection?
My research examines biological and genomic markers of dengue risk in a Guatemalan cohort developed in collaboration with the Ministry of Public Health and Social Assistance. Between 2018 and 2019, we conducted the initial phase of fieldwork through epidemiological surveys along with serum and whole blood samples for DNA from case and control participants. We analyzed pro-inflammatory cytokine responses in this cohort to characterize immune pathways associated with infection. By integrating cytokine profiles with genetic data, this work investigates how host variation shapes immune responses to dengue and aims to identify cost-effective treatment strategies that target key cytokine pathways. This work is ongoing and we will be conducting phase II summer 2026.
HLA and Diversity
How does genetic diversity in the MHC/HLA region vary across global populations, and how can we better capture this variation?
My research, in collaboration with Dr. Omar Cornejo at University of California, Santa Cruz, investigates patterns of genetic diversity and local ancestry across the highly complex MHC/HLA region in worldwide populations. Because this region is difficult to analyze, we evaluate how different genomic references, including hg38, CHM13, and emerging pangenome frameworks, affect estimates of genetic variation. By comparing these approaches, we aim to improve how diversity in the MHC complex is measured and represented. In parallel, we are developing a long-read sequencing panel and exploring pangenomic methods to better capture variation in this immunologically important region and support more effective targeted sequencing strategies.
More information on his website: obedaram.com
Projects with Dr. Jorgensen:
Dietary Adaptation
How does genetic variation related to starch digestion impact glucose levels and affect metabolic health?
My research identifies genomic variation related to starch digestion in worldwide populations that have long histories of consuming and domesticating starch-based foods. By linking this genetic data with physiological measurements and sociocultural context of our diets today, I examine how ancestral variation can impact glucose levels and lead to insulin resistance, prediabetes, or type 2 diabetes.
Multispecies Genetics
How can genetics of other organisms be used to understand past human activities?
Past human migration often results in significant evolutionary changes through genetics and the cultural exchange of ideas and technology. I use multispecies genetics to infer how humans and non-human organisms (insects) were shaped through co-evolutionary outcomes as a result of ancient human migration. This work presents a novel research framework to understand activities of the archaic past when archaeological evidence is limited, and notably, provides an ethical alternative to destructively sampling ancient human aDNA.
More information on her website: kelcjorgensen.com
Proyectos actuales
El objetivo del laboratorio es comprender cómo la variación genómica está vinculada con los resultados de salud modernos, utilizando enfoques tanto computacionales como experimentales.
Proyectos dirigidos por el Dr. Garcia:
Infección por dengue
¿Cómo influyen los factores genéticos e inmunitarios en la susceptibilidad y la resistencia a la infección por dengue?
Mi investigación examina marcadores biológicos y genómicos del riesgo de dengue en una cohorte guatemalteca desarrollada en colaboración con el Ministerio de Salud Pública y Asistencia Social. Entre 2018 y 2019, recopilamos la face inicial a traves de encuestas epidemiológicas, así como muestras de suero y sangre total para el análisis de ADN de participantes con casos y controles. Analizamos las respuestas de citocinas proinflamatorias en esta cohorte para caracterizar las vías inmunitarias asociadas a la infección. Al integrar los perfiles de citocinas con datos genéticos, este trabajo investiga cómo la variabilidad del huésped influye en las respuestas inmunitarias al dengue y busca identificar estrategias de tratamiento rentables dirigidas a vías clave de citocinas. Este trabajo está en curso y realizaremos la fase II en el verano de 2026.
HLA y diversidad
¿Cómo varía la diversidad genética en la región MHC/HLA entre las poblaciones globales y cómo podemos capturar mejor esta variación?
Mi investigación, en colaboración con el Dr. Omar Cornejo de la Universidad de California, Santa Cruz, estudia los patrones de diversidad genética y ascendencia local en la compleja región MHC/HLA de poblaciones de todo el mundo. Dado que esta región es difícil de analizar, evaluamos cómo diferentes referencias genómicas, como hg38, CHM13 y los marcos emergentes del pangenoma, afectan las estimaciones de la variación genética. Al comparar estos enfoques, buscamos mejorar la forma en que se mide y representa la diversidad en el complejo MHC. Paralelamente, estamos desarrollando un panel de secuenciación de lectura larga y explorando métodos pangenómicos para capturar mejor la variación en esta región inmunológicamente importante y respaldar estrategias de secuenciación dirigida más efectivas.
Más información en su página web: obedaram.com
Proyectos con Dr. Jorgensen:
Adaptación dietética
¿Cómo influye la variación genética relacionada con la digestión del almidón en los niveles de glucosa y afecta a la salud metabólica?
Mi investigación identifica variaciones genómicas relacionadas con la digestión del almidón en poblaciones de todo el mundo que poseen una larga historia de consumo y domesticación de alimentos a base de almidón. Al vincular estos datos genéticos con mediciones fisiológicas y el contexto sociocultural de nuestras dietas actuales, examino cómo la variación ancestral puede influir en los niveles de glucosa y conducir a la resistencia a la insulina, la prediabetes o la diabetes tipo 2.
Genética multiespecies
¿Cómo se puede utilizar la genética de otros organismos para comprender las actividades humanas del pasado?
Las migraciones humanas del pasado suelen generar cambios evolutivos significativos a través de la genética y el intercambio cultural de ideas y tecnología. Utilizo la genética multiespecie para inferir cómo los humanos y los organismos no humanos (insectos) se moldearon mediante la coevolución como resultado de las antiguas migraciones humanas en Perú. Este trabajo presenta un marco de investigación novedoso para comprender las actividades del pasado arcaico cuando la evidencia arqueológica es limitada y, en particular, ofrece una alternativa ética al muestreo destructivo de ADN antiguo humano.
Más información en su página web: kelcjorgensen.com
PhD Program Biological Anthropology Genetics Genomics Grad School Graduate Program Anthropology Master
Human Population Genomics Lab 