Research in the Human Population Genomics Laboratory at KU integrates computational, experimental, and field-based approaches to investigate how genomic variation shapes modern health and reveals insights into human history.
Our laboratory consists of both a wet-lab for modern DNA and RNA processing and a dedicated computational research space.
Genomics Laboratory
Our laboratory consists of equipment to support DNA and RNA sample storage, extraction, amplification, and library preparation for next-generation sequencing. Facilities include a -80°C PHCbi Ultra-Low freezer, Labconco Biosafety cabinet, Eppendorf centrifuges, water and dry baths, and miscellaneous small equipment (vortexes and minicentrifuges) for DNA and RNA sample storage and extraction.
For post extraction processing, our lab has a Nanodrop Spectrophotometer, a Qubit Fluorometer, a BioRad T100 Thermal Cycler, gel apparatuses and power supply, a BioRad Gel Doc Go Imaging System, a BioRad Opus Flex for Real Time PCR, and miscellaneous small equipment (Ph meter, rocker, shaker). For post-PCR our lab contains all the necessary equipment for NGS library purification.
Computational Cluster
For bioinformatic analyses, our lab uses a high-performance compute node provisioned through the University of Kansas Center for Research Computing (CRC) nicknamed ‘Halcon’. Halcon is a 2 Terabyte (TB) Intel Xeon 6542Y CPUs (48 cores at 2.9GHz), with 100Gb HDR InfiniBand for High Bandwidth Storage Access and 15TB dedicated file storage. Beyond our dedicated node, our lab has access to the KU’s Community Cluster including additional CPU and GPU cores to support large-scale, memory-intensive computations and high-throughput data workflows.
Instalaciones
La investigación en el Laboratorio de Genómica de Poblaciones Humanas en KU integra enfoques computacionales, experimentales y trabajo de campo para investigar cómo la variación genómica influye la salud moderna y revela conocimientos sobre la historia humana.
Nuestro laboratorio consta de un laboratorio de biología molecular para el procesamiento de ADN y ARN moderno y un espacio dedicado a la investigación computacional.
Laboratorio de Genómica
Nuestro laboratorio cuenta con equipos para el almacenamiento, la extracción, la amplificación y la preparación de bibliotecas de secuenciación para muestras de ADN y ARN. Las instalaciones incluyen: un ultracongelador PHCbi de -80 °C, una cabina de bioseguridad Labconco, centrífugas Eppendorf, baño termostatado de agua, bloques térmicos secos y diversos equipos pequeños (vórtices y minicentrífugas) para el almacenamiento y la extracción de muestras de ADN y ARN.
Para el procesamiento posterior a la extracción, nuestro laboratorio cuenta con un espectrofotómetro Nanodrop, un fluorómetro Qubit, un termociclador BioRad T100, equipos de electroforesis y fuentes de poder, un sistema de captura de imágenes BioRad Gel Doc Go, un BioRad Opus Flex para PCR cuantitativa en tiempo real y otros equipos pequeños (pH-metro, plataforma de balanceo y agitador). Para el procesamiento posterior a la PCR, nuestro laboratorio dispone de todo el equipo necesario para la purificación de bibliotecas NGS.
Clúster computacional
Para los análisis bioinformáticos, nuestro laboratorio utiliza un nodo de cómputo de alto rendimiento, proporcionado por el Centro de Investigación en Computación (CRC) de la Universidad de Kansas, apodado “Halcón”. Halcón cuenta con 2 terabytes (TB) de memoria, procesador Intel Xeon 6542Y (48 núcleos a 2,9 GHz), con conexión HDR InfiniBand de 100 Gb para acceso a almacenamiento de alta velocidad y 15 TB de almacenamiento dedicado en disco. Más allá de nuestro nodo dedicado, nuestro laboratorio tiene acceso al Community Cluster de KU, que incluye núcleos adicionales de CPU y GPU para respaldar cálculos a gran escala, de alta demanda de memoria, así como flujos de trabajo de datos de alto rendimiento.
PhD Program Biological Anthropology Genetics Genomics Grad School Graduate Program Anthropology Master
Human Population Genomics Lab 